Apesar de ser 3D, o game é muito conhecido e popularmente famoso pelo nome de cubo mágico, um cubo de seis lados com nove outros cubos de cada lado formando assim um grande cubo. São seis imagens diferentes com personagens do desenho do Naruto e cada imagem está dividida por estes cubos menores. Seu objetivo é arrumar e ligar todos os cubos de forma que nenhum deles fique fora do lugar, assim todas as imagens serão posicionadas corretamente e você conseguirá passar de fase. No início do Naruto 3D você perceberá que tudo é muito fácil, pois serão poucos movimentos necessários para completar o cubo mágico, porém conforme você vai passando de fase o cubo vai se embaralhando mais e mais para deixar tudo mais difícil e emocionante. No cubo mágico tradicional brincamos apenas com cores, mas nesta versão brincaremos com cores e também imagens dos personagens mais conhecidos do Naruto, por isso que o jogo fica tão divertido. Como jogar: Use o mouse para movimentar o cubo mágico do Naruto.
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